En el año 2044, los restantes defensores de la tierra, tuvieron éxito en expulsar a los Invid del planeta, ahora todos ellos tienen una importantisima misión, encontrar al mítico Rick Hunter, cuyo SDF-3 se perdío durante la confrontación final. Contando ahora con nuevas unidades conocidas como Shadows, nuevos mechas que tienen la capacidad de ocultar su fuente de protocultura para así evitar ser descubiertos.
